Amennyiben az eljárásrendi szabályozás lehetővé teszi, az elszámolás ellenőrzésének eredménye során nem teljesült, vagy hiányosan teljesült szempontokat lehetőség van pótolni, hiánypótlás keretében.
A Támogató, az elszámolás elbírálásának eredményeként hiánypótlást írhat elő. Az EPTK felületen, az Üzenetek funkcióban kap értesítést a Támogatást igénylő az ellenőrzés eredményéről, valamint arról, ha hiánypótlás teljesítésére lesz szüksége. Az összes beérkezett Üzenet alatt, a Keresés funkció nyújt segítséget abban, hogy a keresett projekt minél hamarabb elérhetővé váljon. A keresés lehetséges támogatási kérelem szám, vagy tárgy alapján is.
A hiánypótlásra felszólító levél, az érkezett üzenet megtekintése gombra kattintva érhető el, és a Csatolt hivatalos levél linken tölthető le. A levélre kattintva, a hiánypótlási felszólítás átvétele is megtörténik, amennyiben a megjelenő figyelmeztető üzenet Igen gombját válasszuk ki. A levél tartalmazza a hiánypótlásra vonatkozó valamennyi információt.
A hiánypótlási felszólításnak, az alábbi funkciókban tud eleget tenni a kedvezményezett: